藍鯨通過其頭頂的噴水孔（也稱為氣孔）進行呼吸。 藍鯨每隔一段時間就會浮出海面，通過噴水孔排出肺部的廢氣，並吸入新鮮空氣。藍鯨的肺容量非常大，可達5000升，這使得藍鯨每次潛水後可以換氣30到70分鐘。藍鯨通常需要每10到15分鐘到水面上換一次氣。