關於蘭嶼飛魚的故事，有一個美麗的傳說：
很久以前，蘭嶼附近海域風平浪靜，各種魚類游弋其中，十分和諧。有一天，大禹治水的腳步踏遍了這個海域，為了感謝人類不再受水患的侵擾，所有在此被打擾的生靈都願意幫忙拯救墜入愛河的精靈王子。精靈王子愛上了一隻藍眼睛的飛魚，然而飛魚的另一半已被惡龍搶走，他每天都在向惡龍爭奪飛魚。
就在他們相互許下承諾的時候，王子的心卻化為飛魚伴侶，每年7月22日上岸產卵，而且為紀念這對情侶魚而產下小魚之後在海峽中翻騰跳躍形成絕美的海面風景，展現其愛戀之情。而他的化身-蘭嶼飛魚就成為了一種奇特的美景，讓每一位來訪的客人都能感受到他們的愛戀與執著。
蘭嶼飛魚是大海的饋贈，是蘭嶼人民和大海精靈的美好見證。這樣的傳說和景觀賦予了蘭嶼飛魚特別的意義和吸引力。在品嘗美味飛魚的同時，也可以聽聽老漁民們講述的這個動人的傳說，感受一下大自然賦予海洋的神秘色彩和生命活力。