《超執刀2》的故事主要圍繞著主角林家棟飾演的醫生江大宇及其同事、病患和生活展開。故事中,江大宇在第一集已證明過人刀法,與各種江湖人物交手,屢屢化險為夷。而他對醫術的熱愛和敬畏,使他繼續在醫術界追求更高的境界。
此外,他與女主角趙圓瑗飾演的獨行俠醫生相知相惜,兩人一同在刀光劍影的醫界中並肩戰鬥。他們還帶領著各自的小組,與各種惡勢力作戰,解救病患。
在第二集裡,江湖勢力逐步浮出水面,圍繞著黑金公積金項目爆發出一系列波及劇情,這使得醫界亂世風雲再起。同時,人性的揭示與探索,將繼續成為這齣劇作的重要看點。