近交系小鼠包括以下幾種：
BALB/c小鼠：這是一種常用的近交系小鼠，起源於1913年，由貝格從美國商人歐希爾處購得的白化小鼠原種開始，經過麥克•多威爾在1923年開始作近交系培育，至1932年達26代，命名爲BALB/c品系。
C57BL/6J小鼠：也被稱爲B6、B6J、Black 6 或 C57 Black，是使用最爲廣泛的近交系小鼠，也是第一個完成基因組測序的品系。由Clarence Cook Little 博士通過將 57 號雌鼠與 52 號雄鼠交配獲得，毛色爲黑色。
C3H小鼠：這是一種野生色的近交系小鼠，起源於1920年，由白化雌鼠與乳腺腫瘤高發DBA系雄鼠雜交，再經20代以上近交培育而獲得。
DBA小鼠：這是一種淡灰色的近交系小鼠，起源於1909年，在毛色分離實驗中建立，爲古老的近交系小鼠。
以上四種小鼠都是生物醫學研究中常用的近交系小鼠。