連翹的處理方式主要分為修剪和加工兩個部分。
修剪
成長期修剪：在連翹的成長期，應及時去除受損或病枝，剪短以前未剪或過分長的枝條，去除影響樹形和成長態勢的櫱芽和密集枝條。春天發芽後，去除不必要的嫩芽，保留用於豐滿樹姿的芽。花後剪短枝條，促進新枝生長，增加開花次數。
休眠期修剪：休眠期適度修剪，去除枯死、病死或雜亂枝條，裁斷瘋長枝。去除細瘦枝，剪短粗壯枝條，保留新芽部分。對於多年未剪或剪得不好的樹枝進行回縮，特別是樹高或樹冠偏移的情況。叢生連翹可梳剪，去除密集部分，留下稀疏地方，避免猛拉以免損傷其他枝芽。
加工
去除雜物：清洗連翹前，去除枝梗和果柄，然後用清水反覆沖洗去除表面灰塵。
蒸煮：將清洗乾淨的連翹用沸水煮片刻或蒸半個小時，以保持藥效和形狀，並易於乾燥。蒸煮後晾乾水氣以防變色霉爛。
烘乾：自然晾曬或使用烘房使連翹乾燥。烘乾時火力不宜過大，溫度保持在50℃左右，薄層均勻受熱，透氣。烘炕中要翻動以防焦變，接近全乾時降低溫度。
以上步驟可以保持連翹的健康和美觀，同時也有助於其藥效的保存和乾燥。