違反保密協定的處理方式取決於具體情況，可能涉及民事責任、行政責任和刑事責任。以下是詳細信息：
民事責任。如果保密協定中約定了違約金，不論員工的違約行為是否給用人單位造成了實際損失，用人單位都可以要求員工支付違約金。賠償金則建立在實際損失的基礎上。如果協定中沒有約定違約金，且員工的違約行為沒有造成實際損失，用人單位則不能要求支付賠償金。
行政責任。根據《反不正當競爭法》，工商行政管理機關有權依法責令停止違法行為，並可根據情節處以一萬元以上二十萬元以下的罰款。還可以責令侵權人將載有商業秘密的圖紙、軟體及其他有關資料返還權利人或銷毀。
刑事責任。如果違反保密協定的行為給商業秘密的權利人造成重大損失，或者違反約定或權利人有關保守商業秘密的要求，披露、使用或允許他人使用其所掌握的商業秘密，可能面臨三年以下有期徒刑或拘役，並處罰金；如果造成特別嚴重後果，可能面臨三年以上七年以下有期徒刑，並處罰金。
在處理這類問題時，建議諮詢專業法律人士，以確保合法權益得到妥善處理。