酒精殺菌的主要機理在於其能夠吸收細菌蛋白質中的水分，導致蛋白質脫水變性凝固，從而殺滅細菌。爲了有效殺菌，酒精的濃度需在一定範圍內，通常是70%至75%的酒精具有最佳的殺菌效果。這個濃度的酒精與細菌的滲透壓相近，能逐漸向菌體內部滲入，使細菌的所有蛋白脫水、變性凝固。
不同濃度的酒精有不同的用途，例如：
25%至50%的酒精可用於物理退熱。
40%至50%的酒精可用於預防褥瘡。
95%的酒精則常用於醫院中擦拭紫外線燈。
需要注意的是，酒精易燃且易揮發，使用時需遠離明火，避免在有火源的環境中使用。在使用酒精進行消毒時，應避免噴灑式消毒，特別是室外，以防止火災風險。擦拭消毒是更安全的選擇，特別是對不耐腐蝕的物品。在使用酒精時，還應避免直接噴灑在身上，以防衣服靜電引起爆炸。
在使用醫用酒精進行消毒時，應確保通風良好，避免酒精蒸氣積聚。消毒後，應保持房間密閉一段時間，以便酒精充分發揮作用，然後打開窗戶通風。