酵素是一種由胺基酸組成的具有特殊生物活性的物質，存在於所有活的動植物體內，是維持機體正常功能、消化食物、修復組織等生命活動的一種必需物質。
酵素也可以指食物發酵後的產物，以動物、植物、菌類為原料，添加或者不添加輔料經過微生物發酵製得的，含有特定生物活性產品。在生物化學中，酵素相當於酶，是一種生物催化劑，由蛋白質構成，已知的酵素有數千種，每一種酵素在體內都有特定的功能。
需要注意的是，雖然酵素和酶在某些語境下可以互換使用，但它們並不完全相同。特別是在日本和台灣地區，酵素的概念實際上指的是一種發酵的食物，這種發酵的食品對腸道有保護作用。