醫療機構的診療科目名錄包括多個一級診療科目和相應的二級診療科目。一級診療科目有32個，包括預防保健科、全科醫療科、內科、外科、婦產科、婦女保健科、兒科、小兒外科、兒童保健科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮膚科、醫療美容科、精神科、傳染科、結核病科、地方病科、腫瘤科、急診醫學科、康復醫學科、運動醫學科、職業病科、臨終關懷科、特種醫學與軍事醫學科、痲醉科、醫學檢驗科、病理科、醫學影像科、中醫科、民族醫學科、中西醫結合科。
二級診療科目是在一級診療科目下的細化，例如「外科」是一級診療科目，「普通外科專業」、「神經外科專業」等則是外科下的二級診療科目。一些特定的二級診療科目，如「肝臟移植項目」、「胰腺移植項目」、「小腸移植項目」，雖然在外科下設立，但並不構成三級科目，而是作為二級診療科目的子目錄。此外，還有對某些二級診療科目的細化，如「臨床細胞分子遺傳學專業」和「疼痛科」的增設。