雲南水土流失的原因主要包括以下幾個方面：
地形因素。雲南地形複雜，以山地、丘陵為主，特別是雲貴高原地區，地形崎嶇，加上夏季多暴雨，導致流水侵蝕作用強烈。
氣候因素。雲南屬於亞熱帶季風氣候，夏季高溫多雨，冬季低溫少雨，雨熱同期，年降水量較大，這種氣候條件加上地形特點，使得該地區成為水土流失較為嚴重的地區。
人為因素。包括不合理的土地利用方式（如陡坡耕作）、大規模的採礦和工程建設（如公路、鐵路建設）、過度開採地下水、不合理的森林砍伐等，這些活動都加劇了水土流失。
土壤因素。雲南土壤發育相對較差，特別是可溶性的石灰岩地區，土壤覆蓋層較薄，容易在流水作用下被沖刷，導致水土流失。
此外，雲南的水土流失還與植被覆蓋率低、生態系統的脆弱性等因素有關。