雲南火腿的保存方法有多種，具體取決於火腿的狀態和預期的保存時間。以下是一些常見的保存方法：
切開後的火腿。在切割面塗上一層無香無味的食用油，以鎖住水分。如果存放在空調房或恆溫室中，可以用保鮮膜包覆表面，再用一條幹淨的餐巾覆蓋。若存放在冰櫃中，則需用保鮮紙多層包裹，以避免變味或串味。開封後的火腿在正確保存的情況下，最佳食用期為1至2個月。
未切開的火腿。可以掛在陰涼、通風、乾燥的地方，避免陽光直射和濕氣過重的地方。如果火腿露出骨頭，應取出骨頭以避免變味。對於真空包裝的火腿，應檢查包裝是否漏氣、脹袋、變色或發霉。然後置於乾燥陰涼處，或冰櫃的保鮮層，但不宜放入冷凍層。熟食火腿在食用後只需常溫保存，並儘快食用。
特殊地區的傳統保存方法。如麗江地區的納西族火腿，會在冬至前後醃製後放入罈子中，用石頭壓20天，然後進行晾曬。這種方法適用於特定的地區和氣候條件。
總體來說，火腿的保存需要避免水分流失和脂肪氧化，同時防止蟲害和變質。在冰櫃保存時，應注意避免水分結冰和肉質變味。