顯微鏡的結構主要包括以下部分：
鏡座。顯微鏡的底座，用於穩定支撐整個鏡體。
鏡柱。從鏡座直立的部分，連接鏡座和鏡臂。
鏡臂。一端連於鏡柱，一端連於鏡筒，是取放顯微鏡時手握的部位。
鏡筒。位於鏡臂前上方，上端裝有目鏡，下端連接物鏡轉換器或聚光器。
物鏡轉換器（或旋轉器）。位於鏡筒下方，有多箇物鏡螺口用於安裝不同放大倍數的物鏡，通過旋轉可以更換物鏡。
載物臺（或鏡臺）。位於鏡柱後方，用於放置玻片標本，中央有通光孔，兩側有壓片夾固定玻片。
目鏡。位於鏡筒上端，用於觀察放大後的物像。
調節裝置。包括粗準焦螺旋和細準焦螺旋，用於調節物鏡與標本之間的距離，使物像清晰。
反光鏡。裝在鏡座上方，可以向任意方向轉動，用於反射光線到聚光器上，有平面和凹面兩種，分別適用於光線強弱不同的環境。
遮光器（或光圈）。位於載物臺下，用於調節光線強弱，通過調整光圈的大小來控制進入顯微鏡的光量。
此外，一些顯微鏡還配備有聚光器和光闌等組件。這些組件共同協作，使得顯微鏡成爲一箇複雜而精密的光學儀器。