香椿芽的保存方法有短期和長期兩種。短期保存方法包括：
直接保存。新採摘的香椿芽在清水中浸泡一天，瀝乾後放入保鮮盒，放在陰涼通風處，可以保存約一周。
冰櫃冷藏保存。將香椿芽放入保鮮袋，置於冰櫃冷藏室，溫度保持在0~1℃，可以保存大約3周。
長期保存方法則有：
冷凍保存。香椿芽在沸水中焯1分鐘左右，變綠後立即放入涼水中，瀝乾後分小把裝入保鮮袋，放入冰櫃冷凍室-10℃左右，可以保存約一年。
速凍保存。新鮮香椿芽晾曬一段時間後稍微失水，放入保鮮袋中並排出空氣，然後放入冰櫃冷凍室，可以長期保存。
醃漬法保存。新採摘的香椿芽洗淨後用鹽揉搓直至葉片浸入鹽分，然後放入保鮮袋中，短期保存放在冰櫃保鮮層，長期保存則放在冷凍室。
以上方法均需注意分裝時小把分裝，避免堆疊在一起導致過熱腐壞。