六代GTI的主要通病包括：
正時鏈條問題：正時鏈條容易跳齒，通常在行駛8萬公里左右會出現問題。跳齒可能導致需要花費大量資金來修復發動機。
燒機油問題：二代EA888發動機燒機油是一個知名問題，可能會導致發動機損壞。
水泵和進氣支管問題：水泵和進氣支管容易損壞，這也是一個常見的通病。
變速箱問題：配備的DQ250變速箱也容易出現問題，早期可能出現死亡閃爍，但大眾後來進行了召回並升級了產品。
滲油問題：車輛的邊蓋和塑膠正時鏈條容易滲油，這是10台車中有9.5台會出現的問題。
積碳問題：積碳可能導致汽油燃燒不充分，使發動機會出現抖動的問題。
油封老化問題：油封老化可能會造成變速箱漏油，更換新油封可以解決漏油問題。
變速箱噪音問題：高溫會破壞自動變速箱油的質量和摩擦特性，導致變速箱噪音和內部損壞。
進氣歧管問題：進氣歧管總成容易出現問題，可能導致怠速不穩定和加速無力。
高壓油管問題：高壓油管可能造成異響，尤其是當油管的卡子老化或斷裂時。
密封性問題：車輛的密封性較差，天窗和後門在雨天容易進水。