鹼性磷酸酶（ALP）染色的原理可以分為兩種主要方法：改良Gomori法和偶氮偶聯法。
改良Gomori法的原理如下：
細胞內的鹼性磷酸酶在鹼性條件下水解試劑中的甘油磷酸鈉，釋放出無機磷酸鹽。
磷酸鹽與鈣離子作用生成磷酸鈣。
磷酸鈣再與鈷離子作用生成磷酸鈷。
最後，磷酸鈷與硫化銨反應生成黑色的硫化鈷顆粒，這些顆粒沉澱於細胞漿中。
偶氮偶聯法原理如下：
在pH9.2至9.8的鹼性環境中，細胞內的鹼性磷酸酶催化α-磷酸萘酚水解，釋放出萘酚。
萘酚隨後與重氮鹽偶聯，生成不溶性的有色（通常是灰黑色到棕黑色）沉澱，這些沉澱定位於細胞質中的酶活性所在部位。
這兩種方法都是通過檢測鹼性磷酸酶產生的特定化學反應來顯示酶的活性，從而對細胞或組織進行染色。改良Gomori法和偶氮偶聯法的主要區別在於化學反應的過程和最終產物的性質，前者產生黑色的硫化鈷顆粒，而後者則生成不溶性的有色沉澱。這兩種方法都廣泛套用於生物學和醫學研究中，以檢測和定位鹼性磷酸酶的活性。