使用CDD的方法取決於CDD的上下文和用途。以下是兩種不同上下文中CDD的使用方法：
在NCBI的CDD資料庫中查詢：
打開NCBI首頁，選擇進入CDD資料庫的選項。
如果是查詢單條序列，直接進入CD-Search選項；如果是批量查詢，則使用Batch-CD-Search。
在CD-Search中，貼上核苷酸序列或胺基酸序列。
提交序列後，將得到查詢結果，可以進一步查找相關文獻和結構域信息。
使用Vector CANdelaStudio軟體中的CDD：
CDD可以載入到CANoe或CANalyzer中，用於傳送診斷指令並解析診斷報文中的指令和數據。
CDD也可以載入到Diva軟體中，自動生成與診斷協定相匹配的自動測試腳本，用於CAN診斷協定的全自動化測試。
CDD可以從CDDT格式的模板創建，而CANDelaStudio的不同版本中，只有功能最完善的版本能夠編輯CDDT模板。雖然普通版本不能編輯模板，但Vector提供的模板通常包含了常用的診斷服務。