使用Clockgen的步驟如下：
解壓下載的Clockgen軟體包，得到ClockGen.exe應用程式。
雙擊打開ClockGen.exe，即可進入軟體界面。
在PLL Setup視窗中，選擇合適的Clock Generator。選擇方法是依次選擇下拉列表中的選項，然後點擊「Read clocks」。當視窗PLL Control和Clocks視窗的數值一致時，代表讀對你的CPU時鐘了。
在Options視窗中，可以勾選Apply current settings at startup，以便讓電腦一開機就自動套用當前的設定。
如需超頻，可以滑動PLL control視窗上的滑塊來決定要將CPU的頻率提高至多少，然後點擊Apply Selection按鈕。
使用CPU-Z等工具查看電腦的CPU頻率，以確認是否成功超頻。
此外，還可以在軟體中點擊CLK圖示增加時鐘，點擊SIN增加信號，雙擊信號名稱更改信號名稱，進入編輯模式切換信號的高低電平，增加時間間隔標記，導出為圖片，或轉為ASCII碼貼上到verilog代碼中。