e通卡充值可以通過多種方式進行，具體如下：
《e通卡》App充值。下載並打開《e通卡》App，點擊首頁的「卟噔充值」模組，輸入或選擇卡號，選擇充值金額完成支付。若使用手機e通卡，在《e通卡》App的「卟噔充值」頁面輸入手機e通卡號，完成充值訂單後，手機e通卡也需要進行卟噔操作。
自助終端充值。在捷運站點自助終端、農行自助終端等地方，進行e通卡的充值，這些自助終端通常提供即充即用的服務。
人工充值網點。如郵局網點、BRT網點、客服中心等，均可辦理e通卡的充值。
微信充值。通過微信的「ETC助手」小程式進行充值，需要選擇已有的充值設備並按照提示操作。此外，也可以在微信的「生活繳費」部分進行ETC的充值。
手機錢包充值。在手機錢包的套用中添加e通卡，然後進行充值，例如在Apple Wallet App或手機自帶的錢包套用中添加e通卡後充值。
銀行卡自動繳費。綁定一個銀行借記卡作為支付方式，每月自動從銀行卡扣款。
此外，e通卡還支持數字人民幣支付。