關於《FF13 versus》的故事，不同的角色有著不同的經歷和背景。故事大致分為三部分：
第一部分：拯救篇。主人公乘坐的空中飛行船遭到攻擊，其中包括從不明飛行物飛出來的士兵以及派特拉主動迎接，對話中發現女主角柯涅特出現記憶混亂以及有她的朋友們不幸遇難而驚恐不安，隊伍中最強的戰士賽菲爾勇敢的帶領隊伍進行戰鬥。戰鬥結束後，賽菲爾被賽巴絲救走。同時，隊伍中的阿瑞娜被俘虜，柯涅特醒來後，因精神力混亂導致幻覺頻發，被眾人懷疑是幻覺而產生誤會。在途中隊伍遭到雷吉亞德的攻擊，柯涅特和阿瑞娜被抓住，主角在知道被攻擊者是巴爾瑪重工之後派出飛機前去營救，但是敵人出現了未知的力量而分心導致戰敗。
第二部分：相遇篇。該部分講述柯涅特與同伴們在拉達海岬與尤利會合，期間出現了帕西菲亞號的殘骸碎片和莫古利的預言。當他們決定分頭行動去尋找碎片時，遭遇了不明人士的襲擊，阿瑞娜再次被抓走。在途中隊伍遭到帕西菲亞號的襲擊，戰鬥結束後尤利將柯涅特一行人帶到了船上，阿瑞娜也被賽菲爾救走。在對話中賽菲爾也表示了疑惑並決定離開隊伍去尋找真相。
第三部分：最終篇。該部分講述了主人公們繼續前行，遭遇了新敵人加爾巴迪亞，經過一番激戰最終戰勝敵人並解救出阿瑞娜。最終，他們決定去尋找並打敗幕後黑手——辛巴德。在戰勝辛巴德後，新的未來開始，眾人回到地面時遭遇到了新敵人魔導奇美拉。在關鍵時刻，新的力量覺醒並成功擊敗敵人。
總的來說，《FF13 versus》是一個充滿冒險和挑戰的故事，每個角色都有自己的故事和背景，共同面對各種困難和挑戰。這個故事也展示了友情、勇氣和犧牲的重要性，以及對於正義和自由的追求。