《Metal Gear Solid》系列故事包含多個部分，以下是一些主要故事情節：
1. 初入仕途：主角Snake Eater（MGS4之後改名Big Boss）進入Military Base工作，他的任務是測試一種名為Metal Gear的秘密武器。
2. 維和部隊的背叛：主角和他的小隊被派去消滅一個恐怖組織，但在完成任務的過程中，他們發現自己被欺騙了，而主角和反派角色BOSS成為了敵人。
3. 愛國者與紅色方塊：在一個超級保守的超級大國中，政府被一小部分叛逆的軍事組織操縱，稱為“愛國者”，該組織實施了一種極端的政策，被稱為“紅鯡魚”戰術。
4. 人格分裂的指揮官：在MGS3中，玩家將扮演指揮官角色，面對一個越來越瘋狂的指揮官，他的行為變得越來越難以預測。
5. 維和部隊的秘密：在MGS5中，主角潛入一座高度戒備的軍事基地以獲取一個重要情報，揭示一個名為“帕克斯頓”（Pale Horse）的計畫。
以上故事中，反派角色BOSS的出現是貫穿整個系列的關鍵人物，但不同遊戲中BOSS的真實身份和立場有所不同。在《Metal Gear Solid》系列中，故事的複雜性和深度一直備受讚譽，因為遊戲中的多個角色和情節都留下了開放性的解讀和猜測。該系列也因其深度和影響力在遊戲界占據了一席之地。建議親自體驗遊戲以更深入地了解這些故事。