《合金裝備2：Bioshock》的故事發生在第一代的近十年後，玩家將扮演的是Snake（蛇），繼續他的故事。故事圍繞著Snake與前任Mobius小隊成員Fox在歐洲的行動展開，他們需要保護一位名叫Dina Hall的科學家，並在敵人的“The Machine”中植入新的晶片。這個晶片具有自適應AI功能，能隨著敵人的行動做出反應，以此削弱敵人的攻擊並給予反制。在遊戲的最後，Snake必須做出選擇，選擇一種模式去拯救Mobius基地的成員，或者保護Fox和Dina。
然而，以上只是遊戲的一部分故事線。總體來說，《合金裝備2：Bioshock》是一個關於Snake不斷成長和轉變的故事，他從一個簡單的士兵逐漸轉變為一個深思熟慮的指揮官和戰略家。這個故事也揭示了Snake對權力的矛盾情感，以及他如何處理與Meryl的關係。同時，這個故事也探索了戰爭的殘酷性，以及Snake對和平的追求。
此外，遊戲還引入了新的角色，如Fox、Dina Hall和Meryl，以及新的敵人如“The Machine”和“The Patriots”。這些角色和敵人的塑造進一步擴展了遊戲的故事，為玩家提供了豐富的情節和人物關係。最終，這個故事形成一個完整的、令人印象深刻的劇情線，與遊戲的戰略戰鬥系統相輔相成。