《合金裝備5:幻痛》的故事分為三個主要部分:
1. 故事從主角Snake被Morgan委託開始,為尋找並解救失蹤的妹妹而進入Kazakhstan,隨著調查的深入,Snake發現了一個名為“The Quiet Dream”的秘密項目,而這個項目與Morgan失蹤有關。
2. 第二部分是遊戲的戰役,Snake深入挖掘並發現了巨大的秘密,那就是一個名為“虛空之島”的全球犯罪組織,他們控制著這個世界的許多黑暗秘密。
3. 第三部分是自由行動部分,玩家可以探索整個島,包括與其他特種部隊戰鬥,建立自己的派系,甚至可以探索島嶼的每一個角落。
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