MHC（主要組織相容性複合體）分子的主要作用包括：
抗原提呈。MHC分子在抗原提呈細胞內與抗原肽結合，形成MHC-抗原肽複合體，然後表達於細胞表面。這種複合體可以被具有相應抗原受體的淋巴細胞識別，完成抗原的呈遞過程，啟動免疫應答。
調節免疫應答。MHC分子參與固有免疫應答和適應性免疫應答的調節。例如，MHC-Ⅰ類分子提呈的內源性抗原肽被CD8+T細胞識別，而MHC-Ⅱ類分子提呈的外源性抗原肽被CD4+T細胞識別。
約束免疫細胞間相互作用。MHC限制性指的是T細胞只能識別與自身MHC分子相匹配的抗原肽，這種限制性確保了免疫應答的特異性和有效性。
參與T細胞的發育和分化。在胸腺中，MHC分子參與T細胞的發育和分化過程，通過陽性或陰性選擇，確保T細胞對自身抗原的耐受性。
決定個體對疾病的易感性。MHC分子的多樣性影響了個體對某些疾病的易感性。
參與構成種群基因結構的異質性。MHC分子的多樣性不僅在個體水平上存在，也在種群水平上貢獻於基因結構的異質性。
在器官移植中引起排斥反應。在器官移植過程中，供者和受者之間的MHC抗原不匹配會導致移植排斥反應。
綜上所述，MHC分子在免疫系統中扮演著至關重要的角色，它們不僅參與抗原的提呈和免疫應答的調節，還決定了個體對疾病的易感性和種群基因的多樣性。