MHC（主要組織相容性複合體）在免疫系統中扮演著核心角色，其主要功能包括：
抗原提呈。MHC分子與抗原肽結合，形成複合物，提呈給T細胞。這包括外源性抗原和內源性抗原的提呈，分別由MHC-II類和MHC-I類分子負責。
調節免疫應答。MHC參與固有免疫和適應性免疫應答的調節。例如，MHC-II類分子在適應性免疫中起關鍵作用，而MHC-I類分子則參與NK細胞和某些殺傷細胞的活性調節。
約束免疫細胞間相互作用。MHC限制性是免疫系統的一個重要特徵，意味著T細胞在識別抗原時，必須同時識別細胞表面的MHC分子。
參與T細胞的胸腺選擇和分化。在胸腺發育過程中，T細胞克隆的高親和力結合自身抗原肽-MHC分子複合物，清除可能引起自身免疫反應的T細胞，建立中樞免疫耐受。
決定疾病易感性個體差異。特定的MHC等位基因與某些疾病的易感性密切相關。
參與構成種群免疫反應的異質性。不同個體的MHC多態性不同，影響種群對疾病的抵抗能力。
引起移植排斥反應。MHC分子在器官、組織或細胞移植中可能引起排斥反應。
此外，MHC還參與了免疫應答的遺傳控制，影響個體對特定抗原物質應答的強弱。