PCB檔案可以有多種格式，常見的後綴包括：
.pcb 或 .pcbdoc：這是Protel和新版本Altium Designer的PCB檔案格式，也被其他軟體如ZUKEN的Cadstar、CR5000使用。
.brd：Cadence旗下的Allegro和Eagle軟體的PCB檔案格式。
.max：Cadence公司旗下的ORCAD軟體的PCB檔案格式。
.min：ORCAD軟體的文本檔案格式。
.asc：一些PCB軟體的文本格式，例如PADS、Protel、P-cad等。
.dat, .neu, .net：Mentor軟體生成的neutral檔案格式。
.cam：CAM350或Camtastic 2000的PCB輸出格式。
.tgz：PCB設計檔案生成的ODB++檔案格式。
.cad：PCB設計檔案生成的Gencad檔案格式。
此外，PCB設計檔案還可以包含多個資料夾，其中包括中心庫資料夾（centlib），這是Mentor Expedition設計檔案的組成部分。
理想的PCB檔案結構可能包括以文本格式存儲的各種組件，如封裝、坐標、網路、走線和鋪銅等，以及CAM輸出配置和層屬性等，其中主檔案作為引導檔案，子組件可以放在主目錄的子資料夾內。