shRNA（short hairpin RNA，短髮夾RNA）的原理涉及以下幾個方面：
設計與結構。shRNA由兩個短反向重複序列組成，這兩個序列被一個莖環（loop）序列分隔開，形成一個髮夾結構。這種結構由RNA聚合酶III（Pol III）啟動子控制，並在其後附加5到6個胸腺嘧啶（T）作為轉錄終止信號。
細胞內作用機制。當shRNA被轉錄出來後，它在細胞內形成一個雙鏈RNA（dsRNA）。這個dsRNA被細胞內的核酸內切酶Dicer識別並切割成小片段的siRNA（小干擾RNA）。這些siRNA進一步與mRNA解旋酶結合，使反義鏈與內切酶、外切酶和解旋酶等結合，形成RNA誘導的沉默複合體（RISC）。RISC與靶基因mRNA的同源區特異性結合，對靶基因mRNA進行切割，從而阻斷目的基因的表達。
與siRNA的關係。shRNA和siRNA都是通過RNAi（RNA干擾）途徑介導基因沉默。不過，shRNA通常被構建在表達載體中，利用質粒或病毒媒介進入細胞，在細胞內經過一系列酶處理後發揮作用。而siRNA可以直接在體外合成後進入細胞，或者從dsRNA前體轉錄後進入細胞，然後與RISC結合發揮作用。
總的來說，shRNA通過其獨特的髮夾結構和細胞內的酶處理過程，有效地在RNAi途徑中發揮作用，實現特定基因的表達沉默。