TCA沉澱原理主要包括以下幾點：
形成不溶性鹽：在酸性條件下，三氯乙酸（TCA）與蛋白質發生反應，形成不溶性鹽，從而導致蛋白質沉澱。
蛋白質構象改變：TCA作為蛋白質變性劑，能夠使蛋白質的構象發生改變。這一過程中，蛋白質內部的疏水性基團被暴露出來，使得蛋白質更容易聚集並形成沉澱。
分子內部滲透：對於分子量較大、結構較為複雜和緻密的蛋白質，TCA可能滲入分子內部。這可能導致蛋白質在後續的電泳樣品加熱處理過程中難以被完全除去，並且有可能發生酸水解，形成碎片。這一作用隨時間的延長而變得更加明顯。
綜上所述，TCA沉澱原理涉及與蛋白質形成不溶性鹽、改變蛋白質構象以及分子內部滲透等多個方面，這些作用共同導致了蛋白質的沉澱。