VCF檔案主要分為兩種格式，一種是用於存儲和交換個人或公司的聯繫人信息，另一種是用於存儲基因組變異信息。以下是這兩種格式的詳細介紹：
用於存儲聯繫人信息。VCF檔案以.vcf為擴展名，採用文本格式，可以包含一個或多個個人聯繫信息的電子名片，這些名片包括姓名、電話號碼、電子郵件地址、地址等欄位。VCF格式的檔案廣泛用於從通訊薄中導出和導入聯繫人信息。
用於存儲基因組變異信息。VCF檔案是基因組學研究和生物信息學分析中的重要工具，用於表示個體基因組的單核苷酸變異(SNV)和小型插入/缺失變異(Indel)等。VCF檔案的結構相對簡單，由一系列的元數據行和數據行組成。