《秘密花園》的秘密主要有兩個方面：
心理層面：通過繪畫、塗色，可以將人們內心深處的情感釋放出來。這是一種「心理投射」，是指將個人的興趣、願望、恐懼和期望反映到外物上面。讀者依照了自己的喜好，通過任意選擇顏色來填充圖案，從而將歡樂的、悲傷的情緒表達出來。
故事層面：故事中的秘密花園是一個被關閉多年的花園，因為新生命在其中煥發出的活力，被重新開啟。瑪麗和柯林在生機蓬勃的小天地里不受干擾地玩耍，學會了友愛待人，恢復了純真快樂的天性。這個花園不僅是一個物理的空間，也是一個象徵性的空間，它象徵著生命的活力和可能性，能夠改變孩子們的性格，讓他們變得更加快樂。