分辨三湖慈鯛的雄性與雌性可以通過多種方法，具體取決於魚種的性別特徵。以下是一些常用的辨別方法：
觀察臀鰭。許多三湖慈鯛的雄性個體其臀鰭上有較多的卵斑，而雌性則幾乎沒有。
觀察頭部和嘴部特徵。例如，雄性薩伊藍六間會起頭，而雌性不會；雄性藍面蝴蝶嘴巴向前凸出，而雌性則呈圓弧形。
觀察背鰭尾部。在亞成魚中，背鰭尾部尖銳或稍有分叉的通常是雄魚，而圓潤的則可能是雌魚。
檢查生殖乳頭大小和形狀。在體型相似的魚中，雄性的生殖乳頭較小且較尖，而雌性的則較大且較圓。
觀察體色和條紋。有些三湖慈鯛的雄性和雌性在體色和條紋上有明顯差異，特別是在髮色過程中。
觀察泄殖孔。泄殖孔的形狀和大小可以用來辨別性別，例如，長形泄殖孔可能是雄性，而圓形泄殖孔可能是雌性。
觀察行爲。在魚羣中，最強勢的通常是雄性，它們可能會表現出一種王者的霸氣，而雌性則相對從容。
每種方法都有其侷限性，最準確的方法通常是結合多種特徵進行綜合判斷。