製作上水石盆景的方法主要包括以下步驟：
選材。根據石材的自然屬性和特點來決定製作哪種盆景造型。注意素材的質地、種類及紋理要和諧統一，建議材料的色彩差異不要過大。
敲鑿。確定選材後，首先對石材的大致輪廓進行觀察和分析，設計構思。經過反覆推敲後，對石材進行切割與敲鑿，讓其起伏突出，具有節奏感。
加工。一件石材無法獨自構成一件山水盆景作品，需要通過多件大小不一的石材進行組合。這需要對已經過加工的天然石材進行鋸斷、截取等方式處理，直到能和諧地融合在一起。
粘合。各種石材經過加工處理且能達到完美搭配效果之後，為了起到穩固作用，需要對這些製作好的石材素材進行粘合。通常可以使用水泥或其它粘合劑將其對接成型。
理紋。為了讓作品更具有質感和美感，往往需要將石材的皴紋儘可能處理得一致。對於無法通過理紋的方法來達到統一性的情況下，可以採用色澤較為接近的石材進行錯落拼接，讓其形成較大面積的皴紋明顯凹凸的現象。
上盆固定。造型完成後，可暴曬幾天，為殺菌滅蟲及蟲卵。可將上水石浸入鹽水或醋水12小時。上盆固定，注入適量清水。
養護。將草籽撒在挖出的窩穴里，簡單的噴些水即可。將盆景放在半陰避風的環境中養護即可，3-5天後草籽即可萌芽。對於稍大的植株，可以少量封些土，以固定根系。
此外，還可以在上水石盆景上種植小樹，如三角楓、六月雪等，以提升盆景的整體觀感。種小樹時可在洞穴中先填入泥土後再栽植，待根系抓牢石頭後再用清水沖洗掉泥土。