電影《不能說的祕密》的結局有多箇版本，具體取決於觀衆對電影細節的理解和解讀，以下是幾種不同的結局：
兩人在一起。葉湘倫爲了愛情放棄未來，回到過去的小雨第一次彈琴的時刻，選擇永遠留在過去與小雨在一起，這個決定也改變了歷史，使得小雨的悲劇沒有發生。
小雨猝死。影片中還有一種悲劇結局，即小雨在畢業典禮當天穿越回99年並猝死，葉湘倫經歷了一段不可思議的愛情但無法挽回悲劇。
平淡的結局。小雨沒有死，生活平淡，進入中年，葉湘倫沒有穿越時空，也就不知道小雨的祕密。
此外，還有一種結局是葉湘倫最終沒有穿越時空，他被埋在廢墟底下，再次見到路小雨只是想象。