《乙瑛碑》的內容主要記敘了當時的魯相乙瑛上書朝廷，請求管理孔廟以進行祭祀和管理之事。碑文可以分爲三個部分：
第一部分記錄了乙瑛上報朝廷的奏文，表達了他對於孔廟管理的擔憂和請求。
第二部分是乙瑛仔細琢磨後寫成的公文，詳細說明了孔廟的現狀和需要解決的問題。
第三部分爲讚辭，對乙瑛的行爲進行了表彰，並提到了皇帝對孔子的尊崇和對祭祀活動的重視。
具體內容涉及孔廟的祭祀活動、禮器的管理、以及皇帝對孔子的子孫的寵愛和對祭祀活動的支持。乙瑛請求設立百石卒史一職，負責掌領禮器，並公家給出犬酒錢，以維護孔廟的正常祭祀和管理。