北京市近郊的清河
中國人民解放軍第二炮兵部隊（簡稱「二炮」）的總部位於北京市近郊的清河。此外，二炮的相關機構和院校分布在中國不同的城市：
二炮大院位於北京市西城月壇，是二炮的居住區，總建築面積48720平方米，總占地面積2150平方米，總計房屋769戶。
第二炮兵工程大學位於歷史文化名城西安，距離市中心約20公里，是我國唯一一所培養戰略飛彈部隊指揮技術人才的高等軍事院校。
中國人民解放軍第二炮兵工程學院同樣位於西安，創建於1959年，是我國唯一的培養戰略飛彈部隊技術指揮軍官及各類專門技術人才的高等軍事工程技術院校。
二炮的基地分布在中國不同地區，包括：
51基地位於遼寧瀋陽
52基地位於安徽黃山
53基地位於雲南昆明
54基地位於河南洛陽
55基地位於湖南懷化
56基地位於青海西寧
每個基地下設若乾飛彈旅，作為基本作戰單位，而每個旅下面則下設四個飛彈營，作為基本火力單位。