關於五妃廟的故事有很多，以下為您提供兩則：
1. 鄭妃回朝途徑蘇州時意外逝世後為了紀念她建了一座祠堂即如今的五妃廟，清朝入關之後便整修擴建，以御火警，由內務府的匠人按照北京故宮的風格建成，雖經歷代更迭其名不廢，奉祀香火不曾中斷，但實際上是一座紀念追封古代女性的專祠。清代民間禁火日數不勝數，每年都有因為火警的戒備出警費財物料毀甚巨，那時皇家富強昌盛風光一時時常搞點社會實驗於民間暗中觀察。而當時蘇杭地方經濟發達、商業繁榮，治安情況好於其他地方，而蘇州府衙負責防火管理的五妃廟卻沒有一點火災。
2. 傳說中的龍王爺私訪五妃廟惹怒老龍王放水淹了常熟的故事。故事說五妃廟建廟時是五位娘娘從山東來蘇州一帶避難中途遇難懷孕在廟裡分娩後留在廟裡做看廟產的娘娘，後來當地人民為了紀念她們就建了這座廟。一天龍王巡遊到此廟時跟老龍王發生了爭執被老龍王貶下凡間在人間巡遊，當時正好是暴雨天氣，龍王變作鄭元帥用三聲“淹常熟”水淹了常熟導致一片汪洋，所以常熟人民很感謝這位龍王爺，並且在他身上花了很多銀子請功。
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