亞妮哭泣的原因是多方面的，主要包括以下幾點：
任務失敗：亞妮爲了抓走艾倫，殺了很多調查兵團的人，但最終任務失敗，沒有成功抓走艾倫。這讓她感到前功盡棄，付出了揹負殺虐罪孽的代價，仍然沒有達到目標。
內心的痛苦：亞妮殺的是同伴，這對她來說是非常痛苦的事情。她並不願意殺害這些人，但爲了完成任務，不得不這樣做。這種內心的痛苦和矛盾，讓她感到非常絕望。
無法回家：亞妮的最終目標是回到馬萊見自己的父親。但由於任務失敗，艾倫被搶走，這意味着她無法完成任務，也就無法回家。這種對家鄉的思念和對父親的無盡思念，讓她感到非常痛苦。
心理壓力：亞妮從進入牆內開始，就一直承受着巨大的心理壓力。她需要調查牆內的情報，同時還要面對訓練的壓力。這些壓力讓她感到非常疲憊，心理承受到了極限。
綜上所述，亞妮哭泣是因爲任務失敗、內心的痛苦、無法回家以及巨大的心理壓力等多重因素交織在一起的結果。