內共生假說是關於真核細胞中一些細胞器起源的理論，它認爲這些細胞器原本是獨立生活的細菌，後來被真核細胞吞噬並與之共生。
這種共生關係對雙方都有利，隨着時間的推移，這些細菌在共生過程中逐漸演變成了現今的細胞器，這個過程涉及到線粒體、葉綠體以及其他細胞器的形成。例如，線粒體和葉綠體雖然具有自主的遺傳物質和功能，但它們的一些特徵，如內膜和外膜的結構，以及蛋白質合成機制，都與它們的細菌祖先相似。這種假說得到了大量生物學研究證據的支持，它解釋了這些細胞器與真核細胞之間的特殊關係，並幫助我們理解生命的多樣性和複雜性。