活化分子是指具有發生化學反應所需最低能量狀態的分子。
在化學反應中，分子之間必須互相接觸或碰撞才能發生化學反應，但並非每次碰撞都能導致反應。只有那些能量超過某一特定閾值的分子，即活化分子，在互相碰撞時才有可能發生化學反應。活化分子的濃度是決定反應速度的一個重要因素，活化分子的濃度越高，反應速度通常越快。在一定溫度下，某個反應的活化分子數由該反應的活化能決定。根據玻耳茲曼能量分布定律，能量大於活化能的分子占總分子數中的比例可以用e^(-Ea/RT)來估算。當溫度升高時，這個比例增大，從而使得反應速率增大。使用催化劑可以降低反應的活化能，使得具有平均能量的反應物分子更容易吸收少量能量而成為活化分子，從而增大化學反應速率。