腐殖化過程是指土壤、堆肥或江河湖海等水體淤泥中的有機物質在微生物作用下，通過生物化學或化學反應轉化為腐殖質的過程。這個過程可以分為兩個主要階段：
第一階段。微生物將有機殘體分解並轉化為較簡單的有機化合物。
第二階段。這些簡單化合物進一步縮合成更複雜的分子，如芳香族物質和含氮的蛋白質類物質，最終形成腐殖質。
腐殖化過程不僅涉及微生物的生化作用，還可能包括一些純化學的反應。影響腐殖化過程的因素包括土壤濕度和通氣狀況、溫度、土壤反應及土壤有機質碳氮比值等。腐殖質的形成對土壤的肥力和生態循環具有重要影響，它通常會在土體上部形成一個暗色的腐殖質層，促進生態循環並降低環境污染。