酵素堆肥是一種利用農用酵素技術製作的有機肥料，它通過將動物、植物、菌類等原料進行微生物發酵，製成含有特定生物活性成分的產品。這種肥料不僅可以改善土壤的物理、化學結構和生物環境，還能減少土壤潛在侵蝕，將不穩定的廢棄物轉化成穩定的腐殖質，提高土地利用效率。酵素堆肥過程中產生的高溫有助於減輕雜草種子數量，同時促進土壤微生物平衡，淨化水源，屏蔽重金屬污染。
酵素堆肥作爲土壤改良劑，能夠增強植物的抗病、抗蟲、抗乾旱能力，協助作物吸收營養，促進生理活性反應，產生生理活性物質，刺激和調控作物生長。它還能促進光合作用，使植物根獲得更多的氧氣，促進蛋白質、澱粉、脂肪在土壤中分解，爲植物增加肥料。
在農業應用中，酵素堆肥適合用於保護地栽培的各類蔬菜作物，尤其適合地下根莖作物，如蘿蔔、生薑、馬鈴薯等，可用作基肥。對於各種果樹的基肥和追肥，以及大田經濟作物和糧食作物，酵素堆肥也表現出良好的效果。
根據《酵素產品分類導則》（QB/T5324），農用酵素的定義是以動物、植物、菌類等爲原料，添加或不添加輔料，經微生物發酵製得的含有特定生物活性成分的用於種植業、養殖業、土壤改良的酵素產品。這一定義明確了酵素堆肥的製作原料和用途，強調了其在農業可持續發展中的重要作用。