仇姓的起源有多種說法，主要包括以下幾個來源：
春秋宋國大夫仇牧後裔：仇牧是春秋時期宋國的大夫，他在蒙澤為宋緡公報仇而討伐南宮萬，不幸被南宮萬摔死。仇牧的後代以其名為氏，稱仇氏。
子姓：漢族仇姓源出子姓，春秋時宋滑公在蒙澤為宋萬刺殺，大夫仇牧討伐宋萬，在宋萬家門前與之相遇，被摔死。仇牧的後代以其名為氏。
姒姓：商朝末期的三公之一的九吾氏，其族人在商朝末年紂王暴虐時被殺，其族人分散避居各地，以國名加「人」字偏旁為仇氏，世代相傳至今。
外族基因的流入：外族血液大規模加入仇姓早在戰國時已經開始，主要發生在北方地區。例如，仇由，白狄的一支，周時小國，故地在今山西盂縣東北。戰國初為晉正卿智伯所滅，子孫以國為氏有仇由氏，仇由氏之後改單姓為仇氏。晉末十六國時，武都、陰平、雍州等地仇氏已經為氐族的大姓。南北朝北魏時內都大官仇洛齊，原本侯姓，後成為中原仇姓一支望族。金朝時女真人也有仇姓。
南北朝北魏時期：有中山縣人侯洛齊，本為侯氏，後為仇氏族人所收養，遂改為仇氏。在北魏太武拓跋燾執政時期，仇洛齊以率軍平定涼州功高，拜為內都大官，其後裔漸成望族，世代稱仇氏至今，成為中原仇氏一支。
以上各點均為仇姓的可能起源，具體情況可能因歷史變遷和地域差異而有所不同。