代可可脂和反式脂肪酸是兩種不同的物質，但代可可脂中含有反式脂肪酸。反式脂肪酸主要來源於部分氫化處理的植物油，這種油具有耐高溫、不易變質、存放久等優點，快餐業中使用比較普遍。代可可脂是通過人工方法調製出的與天然可可脂接近味道的替代原料，一般採用氫化工藝，而這種氫化的植物油含有大量的反式脂肪酸。反式脂肪酸容易導致生理功能出現多種障礙，常見的如降低記憶力、容易發胖、易引發冠心病、容易形成血栓等。
代可可脂分為月桂酸型硬脂和非月桂酸型硬脂。月桂酸型硬脂這類油脂中的三甘油酯脂肪酸以月桂酸為主，含量可達45-52%。而非月桂酸型硬脂，雖然可將順式不飽和脂肪酸轉變成室溫下更穩定的固態反式脂肪酸。
然而，並不是所有的代可可脂都含有反式脂肪，需要鑑別食物標籤。部分代可可脂外包裝標明不含有反式脂肪，按照法律規定，反式脂肪含量小於等於0.3g/100g時，便可標註為零。因此適量食用代可可脂不一定有害健康。
總的來說，代可可脂中含有反式脂肪酸，過量攝入可能會對身體造成危害，如導致肥胖、增加心腦血管發病機率、導致消化不良等。因此，建議適量食用代可可脂，避免長期大量食用。