令箭荷花和曇花的主要區別如下：
開花時間。令箭荷花通常在白天開花，花期可持續1到2天；曇花則幾乎總是在夜間或凌晨開花，花朵開放時間通常只有短短的幾個小時。
花色。令箭荷花的花色豐富多樣，包括橙紅、楊紅、粉紅、白色、淡黃色、橙色等，有時甚至還有多色；曇花的花色主要以白色為主，也有黃色的品種。
花型。令箭荷花的花筒與花瓣長度相等或略短；曇花的花筒明顯長於花瓣。
莖枝特徵。曇花的扁枝較寬、薄、軟，邊緣呈波浪式淺鋸齒狀；令箭荷花的扁枝較窄、厚、硬，邊緣為圓鋸齒狀。
耐寒性。令箭荷花耐寒，不耐濕；曇花耐濕，不耐寒。
綜上所述，令箭荷花和曇花在開花時間、花色、花型、莖枝特徵及耐寒性等方面有顯著差異。