余姓的起源較爲複雜，有多箇來源，以下是余姓起源的說法：
余姓主要起源於姬姓，是春秋時期秦國上卿由余的後裔。由余是周攜王姬餘臣（字伯服）的子孫，他因政治避亂逃亡到西戎，後在西戎爲官時奉命出使秦國。秦穆公嬴任見由余才德橫溢，便留他在秦國爲臣，並賜封其爲上卿（即宰相）。由余在秦國爲秦穆公謀劃了征伐西戎之計，秦穆公採用由余之計，滅西戎十四國，拓地千里，使秦國成爲春秋時期的西方霸主。由余去世後，其子孫爲了紀念他，以餘爲姓。
余姓起源於姒姓，出自上古禹帝的小兒子姒罕，屬於帝王賜姓爲氏，歷史上的姒姓餘氏起源於豫州。
余姓源於党項羌人，屬於漢化改姓，最早生活在松藩草原上。唐代遷至河西走廊和今寧夏西部；西夏時期，党項羌貴族和大戶分佈在靈州和西涼府。蒙古破西涼府後，許多人改漢姓爲餘。
余姓源於其他少數民族，如滿族、羌族等，也有部分是漢化改姓的結果。