佟姓的起源較為複雜，主要源於三個不同的來源，包括夏朝末期太史終古的後代、滿族以地名命姓的佟佳氏、女真族的姓氏。具體如下：
夏朝末期太史終古的後代。佟姓最早源於媯姓，是夏朝末期太史終古的後代，屬於以先祖名字改義為氏的類型。
滿族以地名命姓的佟佳氏。滿族先世居滿洲佟佳，以地名為氏，稱佟佳氏。後來簡改為佟姓。
女真族的姓氏。如明代的佟倉（亦作童倉），是明初建州女真族首領猛可鐵帖木兒的次子。
此外，漢族的佟姓還與任姓有關，相傳黃帝的庶子禺陽之後被封於終，以終為氏。至夏王桀時，大臣太史令終古為其後裔，因桀無道，終古乘亂歸商，改姓佟氏。