侯姓的祖先可以追溯到古代的黃帝姬姓後裔。黃帝，姓公孫，生於壽丘，長於姬水之濱軒轅山坡，因此改姓姬，號軒轅氏。黃帝有25個兒子，其中之一是玄囂，玄囂的後代中有極，極的後代中有帝嚳，為高辛氏。帝嚳的兒子放勛繼承父位成為堯帝，堯帝封他的兄長棄為大司農，管理農業，賜祖姓姬氏。棄的後代周族首領周文王姬昌，其子姬發推翻商紂王建立周朝，即周武王。周武王追封其父姬昌為文王。
侯姓的另一支源流可以追溯到春秋時期的晉國。晉侯緡，即姬緡，是晉國的國君，晉鄂侯之子，晉國第十七任君主。他在位期間被周桓王擊敗，後被晉武公所殺。他的子孫後代逃往國外，並以爵位「侯」為姓。
此外，侯姓還有其他來源，包括出自史皇氏的後代倉頡的子孫、夏禹的後代中被封於侯的人以及春秋時期鄭國共叔段之子共仲被莊公賜姓侯等。
綜上所述，侯姓的祖先主要來源於黃帝的後裔以及春秋時期晉國的公族後代。