侯惠勤是一位著名的馬克思主義理論學者，其主要著作包括：
《衝突與整合》：與姜迎春、黃明理合著，探討當代中國價值觀的衝突與整合，涉及政治、經濟、文化等多個領域。
《馬克思的意識形態批判與當代中國》：侯惠勤的馬克思主義理論著作，首次出版於2010年5月，分析馬克思主義意識形態的歷史和理論。
《馬克思主義中國化理論創新30年》：2008年中國社會科學出版社出版的圖書，侯惠勤所著，揭示改革開放這一歷史選擇對馬克思主義理論創新的影響。
《馬克思主義哲學的歷史和現狀》：上下卷，侯惠勤與南京大學出版社合作，於2004年出版，是研究生教學用書。
《重大歷史案例的法理研究》：2003年湖南人民出版社出版的圖書，侯惠勤所著，探討法理的歷史昭示和自然法理念的復興等。
《正確世界觀人生觀的磨礪》：侯惠勤主編，南京大學出版社2002年出版，旨在研究馬克思主義著作精要。
以上著作反映了侯惠勤在馬克思主義理論、哲學、法理等領域的研究成果和貢獻。