內標法的優點包括：
定量準確：內標法可以提供較爲準確的定量結果，因爲它不嚴格要求進樣量，並且可以抵消因操作條件變化而引起的誤差。
不受試樣中其他組分峯的干擾：內標法可以消除試樣中其他組分的干擾，從而更準確地測定目標組分。
色譜條件對結果影響不大：內標法在色譜分析中可以減少色譜條件變化對結果的影響，提供較高的準確度和精度。
內標法的缺點包括：
選擇合適的內標物質困難：找到一箇與試樣不發生反應且能夠穩定存在的內標物質可能是一箇挑戰。
每次分析都要準確稱取試樣和內標物的重量：這可能導致分析過程較爲費時，不適合快速控制分析。
操作步驟多、計算煩瑣：內標法的操作步驟相對複雜，特別是在新藥報批或樣品處理過程中，需要報送內標物的結構確證資料和對照品，這可能會增加工作的複雜度。
需要注意的是，儘管內標法在某些情況下是必要的，例如體內藥物分析，但在其他情況下，如原料藥或製劑成分不多的情況下，外標法可能更爲合適。此外，隨着技術的進步，如HPLC的定量環進樣技術提高了準確度，有時加入內標反而可能因爲操作誤差而降低準確度。