關於公主墳有多個版本的故事，以下是其中兩個版本：
* 版本一：公主墳所在之處原來是順治皇帝的寵妃董鄂妃的墓地。董鄂妃因得順治皇帝的寵愛而未出殯，順治皇帝曾賜出自己的壽木和葬地給她，並御筆寫了“董鄂妃墓志銘”，後民間誤以為這是順治皇帝的女兒墓地，故有了公主墳之說。
* 版本二：據民間傳說，在解放初期的時候，公主墳所在地原來是大太監的一座墓。傳說某朝的公主婚喪嫁娶事宜規格過於高，氣壞了當朝太監們的皇帝爸爸。他叫人運來河水，挖個土坑就把駙馬及其官女小手藝人還有前來道喜的太監統統給活埋了，當時就在此地留下公主墳。
這些故事都是基於公主墳的地點而展開的，至於公主墳的主人究竟是誰，目前還沒有確鑿的證據和官方解釋。