在冬天養護巴西龜，可以採取以下幾種方法：
模擬自然環境冬眠。爲巴西龜準備一箇窩，在容器中鋪6~8寸的泥墊，模擬自然環境讓其冬眠。
陸棲環境冬眠。用2~3釐米的盆栽泥鋪底，放入冬眠的巴西龜，再用鬆散乾草或水苔覆蓋。
水中冬眠。適用於長期生活在水中的巴西龜。水深不宜超過龜裙蓋，且要提供“湖中島”供其休息。
使用沙子冬眠。在容器中鋪溼的厚沙，讓巴西龜挖沙冬眠，或放入木盒中冬眠。這種方法需定期噴水保持沙中水分。
此外，要保持適宜的室內溫度，避免溫差過大，確保巴西龜的生活環境不過於寒冷。定期開窗保持室內空氣流通，防止細菌繁殖。冬季巴西龜代謝減慢，因此餵食要規律，適量添加蔬菜和水果，避免生冷和刺激性食物。保持適宜的溼度，防止皮膚乾燥問題。在陽光不足的冬季，可適當使用日光燈補充光照，幫助巴西龜合成維生素D3和提高鈣吸收率。如果巴西紅耳龜處於南方氣溫較低的地區，需提前安排冬眠用品，並可提前一週停止餵食以便正常進入冬眠。在北方暖氣供應的地區，由於溫度較爲恆定，只需正常餵養即可。對於不打算冬眠的巴西紅耳龜，應保持溫度在20度以上，並多餵食高熱量食物。